●  Torumtay medresesi (Gökmedrese)

Gök Medrese Mahallesi’nde Torumtay Türbesi’nin ve Camisi’nin içerisinde olup, 1267’de Amasya Valisi Seyfeddin Torumtay tarafından yaptırılmıştır.

●  Sultan Beyazıd medresesi

Amasya Ziya paşa Bulvarı’nda Beyazıt Camisi’nin batısında olup, II.Beyazıt tarafından 1486’da yaptırılmıştır. Kesme taştan olan bu medrese U plânlı olup, avlunun etrafını kubbeli revaklar ve bunların arkasındaki dershane hücreleri çevirmektedir. Revakların ucunda, giriş kapısının karşısındaki

●  Dağrakiye medresesi

Yeşilırmak’ın kenarında, Mehmet Paşa Camisi’nin kuzeybatısındadır. Amasya Valisi Emir Nureddin Dağrak tarafından 1224’te mescit olarak yaptırıldığı kapı kitabesinden anlaşılmaktadır.

●  Darül hadis medresesi

Amasya’nın Pirinççi Mahallesi’nde dere kenarında, Hacı Hamza Efendi Camisi’nin hizasındadır. Kadı Şeydi Ali’nin oğlu El-Hac Osman Çelebi tarafından 1527’de Darülhadis olarak yaptırılmıştır. İlk önce ahşap olarak yapılan bu medrese 1602’de çıkan yangında yandığından, Osman Çelebi’nin torunu Ayşe Hatun tarafından 1609’da yeniden yaptırılmış ve mütevelliliğini oğlu Şaban Ağa’ya vermiştir.

●  Haliliye medresesi

Gümüşhacıköy İlçesi Gümüş Beldesi merkezinde bulunan eser Çelebi Sultan Mehmed’in Beylerbeyi Halil Paşa tarafından 1413 de yaptırılmıştır.

●  Çelebi Mehmet medresesi

Merzifon’da Camii Cedid Mahallesi’nde Çelebi Mehmet Camisi’nin yanında I.Çelebi Mehmed tarafından 1415’te yaptırılmıştır. Medresenin mimarı Ebu Bekir İbn Muhammed İbn Hamza-tül Müşeymiş’tir. Halk arasında Sultaniye Medresesi ismi ile de tanınan bu medrese 1419’da Emin Onuroğlu Ali Bey tarafından onarılmıştır.

●  Tigrakya medresesi

Amasya Mehmet Paşa Mahallesi’nde Yeşilırmak’ın kenarında olup, Nureddin Tıgrak tarafından 1234’te yaptırılmıştır. İlk yapımında mescit olarak düşünülmüş, sonradan medreseye çevrilmiştir.

●  Şamlar Medresesi

Yeşilırmak’ın kuzey yakasında Şamlar Mahallesi’nde Şamlar Camisi’nin kuzeyindedir. Kapı Ağası Ayas Ağa tarafından yaptırılmıştır.

●  Kapı ağası (Büyük Ağa) medresesi

Şamlar Mahallesi’nde Beyzıt Camisi’nin karşısındadır. Halk arasında Büyük Ağa Medresesi olarak da tanınmaktadır. Medreseyi II.Beyazıt’ın Kapı Ağası Abdülmûinoğlu Hüseyin Ağa 1488’de yaptırmıştır.

●  Halifet Gazi medresesi

Amasya’da yapılan ikinci medrese Şamice Mahallesi’nde Halifed Gazi Türbesi’nin bitişiğindedir. Medreseyi I.Gıyaseddin Keyhüsrev zamanında Emir Mücahit el Mübarüziddin Halifed Alp İbn-i Tulî yaptırmıştır. Kapı üzerindeki kitabesinde 1235 tarihinde medresenin yapılmasının emir tarafından emredildiği yazılıdır.