Merzifon Bölgesi, M.Ö. 533 yılında Perslerin , M.Ö. 334 yılında Büyük İskender’in , M.Ö. 29 yılında Roma İmparatorluğu’nun, Roma İmparatorluğu ikiye bölündükten sonra Bizans İmparatorluğu’nun hakimiyetine girmiş, 1071 yılında Anadolu’yu fetheden Türklerden İl Tekin Gazi tarafından Türk topraklarına katılmış; önce Danişmentlilerce yönetilmiş, sonra II. Kılıç Arslan zamanında 1174 yılında Anadolu Selçuklu Devleti’nin egemenliğine girmiştir. Daha sonra İlhanlıların ve Eretnaoğulları’nın egemenliğinde kalan Merzifon 1393 yılında Yıldırım Bayezid tarafından Osmanlı Devleti’nin topraklarına katılmış, bu tarihten beri de Amasya Vilayetine bağlı Kaza Merkezi olmuş, 1884 yılında da Belediye teşkilatı kurulmuştur.

Osmanlı Devleti Sadrazamlarından Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Merzifon’un Marınca köyünden olup, mağlubiyetle sonuçlanan Viyana Kuşatmasının komutanıdır (1683).